Plusieurs parties prenantes sont impliquées dans le projet d'aménagement du Noeud Ferroviaire à Long Terme :
L'Etat
Autorité organisatrice des transports, pour ce qui concerne les grandes liaisons et trains d'équilibre des territoires. Sous l’autorité du Préfet de région, l’action de l’État en matière d’aménagement du territoire et de transports est pilotée par le SGAR (Secrétariat général pour les affaires régionales) et la DREAL (Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement), qui assurent le suivi, la programmation et le financement des opérations de développement du réseau ferroviaire dans le cadre des contrats de plan Etat-Région.
La maîtrise d’ouvrage de ses opérations d'investissement en matière ferroviaire est assurée par SNCF Réseau, Etablissement Public Industriel et Commercial de l’État.
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La Région Auvergne-Rhône-Alpes
Cheffe de file de l’intermodalité au niveau régional, la Région Auvergne-Rhône-Alpes est responsable de l’organisation et du financement du transport ferroviaire de voyageurs (TER) et des services routiers effectués en substitution de ceux-ci (Cars Auvergne-Rhône-Alpes). Elle confie l'exploitation du réseau à SNCF Mobilités ou dans le cadre de l'ouverture à la concurrence à des opérateurs privés.
Elle est responsable de l’élaboration du Schéma régional de l’aménagement, du développement durable et de l’égalité des territoires (SRADDET).
La Métropole de Lyon
Née en 2015 de la fusion de la Communauté urbaine de Lyon et du département du Rhône sur le territoire des 59 communes du Grand Lyon, la Métropole de Lyon est une collectivité territoriale unique en France. Autorité organisatrice de la mobilité sur son territoire, elle est responsable des gares routières de voyageurs et participe à la gouvernance des gares ferroviaires. Dans le cadre de sa stratégie « Métropole intelligente », la Métropole entend favoriser l’intermodalité et développer les outils permettant d’adapter les mobilités aux évolutions de la population.
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Le Sytral
Autorité organisatrice des transports urbains et non urbains sur les territoires de la Métropole de Lyon et du département du Rhône, le Sytral est un syndicat mixte constitué de la Métropole de Lyon, de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, des Communautés d’agglomération de Villefranche Beaujolais Saône et de l’Ouest Rhodanien, de la Communauté de communes de l’Est lyonnais et de six communes. Il définit l’offre de transport ainsi que la politique tarifaire. Il finance, développe et gère l’exploitation des réseaux TCL, Cars du Rhône, Libellule, Optibus et Rhônexpress.
Il élabore en outre le Plan de Déplacements Urbains (PDU) de l’Agglomération lyonnaise, document stratégique qui fixe les objectifs à poursuivre par les politiques publiques, en matière de déplacements de personnes et de marchandises, et définit les actions à mettre en œuvre pour répondre au défi de la mobilité urbaine durable.
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